Al sector de arranque de 512 bytes se le denomina Master Boot Record (MBR). El MBR es el primer sector de un dispositivo de almacenamiento de datos particionado, como por ejemplo un disco duro. El
MBR suele ser sobrescrito por los procedimientos de instalación del sistema operativo y el MBR previamente escrito en el dispositivo se pierde.
El MBR incluye la tabla de particiones de las 4 particiones primarias y un código de arranque que puede iniciar el SO o cargar y ejecutar el código del gestor de arranque. Una partición se codifica como una estructura de 16 bytes con tamaño con una ubicación y campos característicos. El primer campo de 1 byte de la estructura de partición se denomina indicador de arranque.
Windows MBR inicia el sistema operativo instalado en la partición activa. La partición activa es la primera partición primaria que tiene activado su indicador de inicio. Puede seleccionar un sistema operativo activando la partición donde está instalado. La herramienta diskpart.exe se pueden usar para cambiar la activación de la partición.
Linux MBR puede ejecutar un código de cargador de arranque (por ejemplo, GRUB o Lilo). A continuación, puede seleccionar un sistema operativo interactivamente desde su interfaz de usuario en la consola. Si no se da ninguna opción en la consola, la selección del SO se toma del archivo de configuración del cargador de arranque que puede editar antes de reiniciar (por ejemplo, grub.conf para el cargador de arranque de GRUB). Si es necesario, el archivo de configuración del cargador de arranque de Linux (que está escrito en una partición Linux) se puede reemplazar desde una línea de comandos de Windows con la herramienta dd.exe.